Думается, ни для кого не секрет, что помидоры собираются и транспортируются ещё зелёными. В дальнейшем они подвергаются обработке газом этиленом, в результате чего ягоды (ну или овощи, если вам так привычнее) приобретают "спелую" окраску, что, однако, не сильно хорошо сказывается на их вкусовых качествах (не в том плане что этилен портит вкус, а в том, что вкусоароматические вещества лучше синтезируются, когда плод висит на ветке). Собирать зрелые томаты не представляется возможным, так как при перевозке они сильно помнутся и потеряют товарный вид, начнут гнить ну и всё такое.
Про трансгенный помидор, томатную пасту и про то, почему всё это пропало из магазинов
Давайте быстренько и кратко разберёмся, почему спелые помидоры портятся.
Томат содержит пектин, который является структурным элементом растительной ткани. Благодаря ему ягода обладает, скажем так, некоторой механической прочностью. По мере созревания в томате повышается активность гена, который производит фермент полигалактуроназу. Его роль — разрушить пектин. Зачем? Когда помидор созрел, нужно чтобы он как можно быстрее "развалился" и сгнил, так семена быстрее попадут в землю и прорастут. Отличный эволюционный механизм, совершенно не нужный человеку.

А если "поломать" ген, кодирующий полигалактуроназу? Нет гена — пектин не деградирует, помидорка не испортится, сможет провисеть на ветке до самой зрелости и без труда переживёт перевоз в магазин. Хм... К коллайдеру!
В 1980-х годах калифорнийская компания Calgene приступила к разработке нового сорта томата со сниженной активностью гена, разрушающего пектин. Для этого они в ДНК томата внедрили антисмысловой ген полигалактуроназы. Получаемая антисмысловая РНК связывается со смысловой ("нормальной"), в результате чего она блокируется и синтез белка (а ферменты - это тоже белки) не происходит. Чтобы узнать, успешна ли модификация, исследователи также вставили ген устойчивости к антибиотику канамицину — в случае успеха,  клетки, обработанные канамицином, не погибнут.
Сорт, названный Flavr Savr (произносится как "flavor saver", дословно "сохраняющий вкус"), был готов к 1992 году.
Про трансгенный помидор, томатную пасту и про то, почему всё это пропало из магазинов
Слева - томат Flavr Savr, справа - обычный селекционный сорт спустя некоторое время после сбора с растения
В этом же году Calgene попросила FDA (food and drug administration — управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов) одобрить сорт для продаж. Через 2 года, в мае 1994, FDA сделало заявление, что Flavr Savr такой же безопасный, как и нетрансгенные сорта, содержание питательных веществ находится в таких же пределах, а наличие резистентности к канамицину никак не влияет на использование человеком антибиотика в лечебных целях. После этого помидор вышел на рынок.
К сожалению, сделать плоды такими, какими задумывалось, удалось лишь частично. Их всё равно нужно было срывать с ветки зелёными. Вкусоароматические вещества не успевали синтезироваться в достаточно количестве. Но не всё так плохо - томаты всё же обладали более мягким вкусом и могли долгое время лежать на прилавке без ущерба для своего внешнего вида.
Помидоры продержались до 1997 года, но вследствие неопытности компании в бизнесе и логистики она свернула продажи, а вскоре и вовсе была выкуплена биотехнологическим  гигантом — компанией Монсанто. Несмотря на всё это, Flavr Savr вошёл в историю как первый генетически модифицированный продукт, выращиваемый в коммерческих целях и одобренный для питания людей.
Про трансгенный помидор, томатную пасту и про то, почему всё это пропало из магазинов
Настоящий успех пришёл к томатной пасте, сделанной из этих помидоров (точнее, из помидоров, сделанных по аналогичной технологии). Паста, созданная английской компанией Zeneca (Calgene и Zeneca договорились, что первая создает свежие томаты, а вторая — томатную пасту), появилась в британских супермаркетах в 1996 году и имела довольно большой успех — вкусная, густая (много пектина), и что немаловажно — на 20% дешевле, чем пасты из нетрансгенного сырья от конкурентов. На банке красовалась крупная надпись - "произведено из генетически модифицированных помидоров" (хотя в те времена маркировать ГМ-продукцию было не обязательно). В это трудно поверить сейчас, но тогда это предложение никого не смущало. За 4 года было реализовано почти 2 млн банок пасты, которая продавалась в двух очень крупных торговых сетях.
Про трансгенный помидор, томатную пасту и про то, почему всё это пропало из магазинов
Однако следующее событие создало, вероятно, ту самую ГМО-истерию и надолго закрыло рынок для ГМ-продуктов.
Биохимик Арпад Пуштаи решил доказать, что ГМО может быть опасно для человека. В 1999 году вышла статья, где он описал свой эксперимент. Учёный добавил в ДНК картофеля ген, вырабатывающий лектин. Это такие белки, которые в больших дозах нарушают усвоение питательных веществ в кишечнике и приводят к другим неприятным штукам. Впоследствии, в результате детального анализа статьи независимыми экспертами, было выяснено, что ничего страшного картофель с лектином не делает с человеком. Однако цель эксперимента была не доказать вред этой картошки, а доказать вред такой технологии, как генная инженерия, что её можно использовать для создания растений, которые травят людей (то, что любую технологию можно использовать во вред человеку, видимо никого не волнует).
За некорректную статью и неверную интерпретацию статистических данных Пуштаи был уволен из института, где он работал. Однако в обществе резко сменилось отношение к ГМО с положительного на негативное. Конечно же никому не было интересно, что в эксперименте вредный сорт был целенаправленно создан.
Трансгенное томатное пюре люди сразу же перестали покупать, и в 1999 году производитель отозвал продукцию из английских супермаркетов. С тех пор оно больше никогда не появлялось в магазинах.

Пруфы и источники:
https://en.wikipedia.org/wiki/Flavr_Savr
http://www.brighthub.com/science/genetics/articles/27236.asp...
https://www.fda.gov/Food/IngredientsPackagingLabeling/GEPlan... (исследование от FDA)
http://hortsci.ashspublications.org/content/43/3/962.full (подробнее о том, как создавался сорт)
http://calag.ucanr.edu/Archive/?article=ca.v054n04p6
А. Панчин. "Сумма биотехнологий", с 121-124.
https://www.popmech.ru/science/14570-vozvrashchenie-vkusa-po... (занимательная статья на русском языке).